Để chống lại chế độ Vichy, Tướng Charles de Gaulle đã lập ra Các Lực lượng Pháp Tự do (FFL) sau bài phát biểu Kêu gọi ngày 18 tháng 6 năm 1940 trên radio của ông. Ban đầu, Winston Churchill chơi bài nước đôi về de Gaulle và ông chỉ cắt đứt quan hệ với chính phủ Vichy khi mọi thứ rõ ràng rằng họ sẽ không chiến đấu. Thậm chí khi đó, cơ quan đầu não của Pháp Tự do tại London vẫn bị rạn nứt bởi sự chia rẽ từ bên trong và sự đố kị.

Sự tham gia của các lực lượng Pháp Tự do vào chiến dịch Syria là điều gây tranh cãi giữa các nước Đồng Minh. Nó đặt ra nguy cơ người Pháp sẽ chiến đấu với người Pháp, khiến mọi người lo ngại về một cuộc nội chiến. Ngoài ra, mọi người tin rằng Pháp Tự do bị các tướng lĩnh trong chính phủ Vichy căm ghét, và rằng các lực lượng Vichy tại Syria có lẽ sẽ không chống lại người Anh nếu lực lượng Anh không có các thành phần của Pháp Tự do. Tuy nhiên, de Gaulle đã thuyết phục Churchill cho phép các lực lượng của ông tham gia, dù de Gaulle bị buộc phải đồng ý tham gia một tuyên bố chung giữa người Anh và Pháp Tự do hứa hẹn rằng Syria và Liban sẽ hoàn toàn độc lập sau chiến tranh.

Tuy nhiên, vẫn còn một số tàu chiến Pháp nằm dưới sự kiểm soát của chính phủ Vichy. Một hạm đội tàu lớn ở tại cảng Mers El Kébir gần Oran. Phó Đô đốc Somerville, với Lực lượng H dưới quyền chỉ huy của ông, được gia lệnh giải quyết tình huống vào tháng 7 năm 1940. Nhiều điều khoản đã được đề xuất cho đội tàu Pháp, nhưng tất cả đã bị bác bỏ. Cuối cùng, Lực lượng H khai hỏa vào các tàu chiến Pháp. Gần 1,000 lính thủy Pháp chết khi Bretagne nổ tung trong cuộc tấn công. Chưa tới hai tuần sau thỏa thuận ngừng bắn, người Anh đã bắn vào các lực lượng của đồng minh cũ của mình. Kết quả gây sốc và dẫn tới sự oán hận với người Anh từ Hải quân Pháp, và ở một mức độ thấp hơn là người dân Pháp.